El estado de Quintana Roo es un refugio natural para más de 132 especies que están consideradas dentro de las categorías de riesgo que publicó la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) en la NOM 059. De un total de 77 especies en peligro de extinción, más de 19 habitan en la entidad, de acuerdo con la lista de especies publicada por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio).

Algunas especies en peligro de extinción que se encuentran dentro del millón 608 mil 403 hectáreas repartidas en 26 áreas protegidas de la entidad son: el mono aullador saraguato yucateco, el mono araña, manatí, tlacuache arborícola, puerco espín tropical, jaguar, tigrillo ocelote, ocelote margay, mapache de Cozumel, tejón de Cozumel, oso hormiguero o brazo fuerte, vampiro falso de linneo, tapir centroamericano y manatí del Caribe en la clasificación de mamíferos.

La Conabio señala en su portal de información geográfica 2012, las especies con señal de alerta de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana reformada en 2010, entre las cuales se encuentran las sujetas a protección especial (PE), amenazadas (A), en peligro de extinción (P) y las probablemente extintas en el medio silvestre (E). Las especies de origen animal están clasificadas como mamíferos, invertebrados, anfibios, aves, peces y reptiles.